設計全面預算控制是在評估全面預算風險的基礎上，對全面預算內部控制進行設計的過程，是全面預算內部控制設計的關鍵環節，基本程序包括：確定全面預算關鍵控制點；明確全面預算控制目標；提出全面預算控制措施；設計全面預算控制證據；完善全面預算相關制度；繪制全面預算控制流程圖；編制全面預算控制矩陣。
1、設計關鍵控制點。企業在構建與實施全面預算內部控制過程中，要針對全面預算風險評估的結果，確定全面預算的一般控制點和關鍵控制點，并編制全面預算控制要點表。確定全面預算的一般控制點和關鍵控制是件很困難的事，要根據企業實際情況確定，也因人們的專業判斷而有所差異?！度骖A算指引》重點對預算編制、預算執行和預算考核等環節進行了規范。
2、設計控制目標。全面預算控制目標就是要保證全面預算合法、安全、有效、可靠，從而有效控制全面預算中可能存在的各種風險。實際工作中，應根據識別出來的全面預算具體風險來設計，不能固定化、模式化。
3、設計控制措施。企業在構建與實施全面預算內部控制過程中，要強化對全面預算控制點、尤其是關鍵控制點的風險控制，并采取相應的控制措施。企業全面預算控制措施要與全面預算相融合，嵌入到全面預算流程當中。
按照《全面預算指引》的要求，企業應當加強全面預算工作的組織領導，明確預算管理體制以及各預算執行單位的職責權限、授權批準程序和工作協調機制等。企業應當設立預算管理委員會，負責擬定預算目標和預算政策、制定預算管理具體措施和辦法、組織編制和平衡預算草案、下達經批準的年度預算、協調解決預算編制和執行中的問題、考核預算執行情況以及督促完成預算目標等工作，其成員由企業負責人和內部相關部門負責人組成。企業還應下設預算管理工作機構，履行日常管理職責，一般設在財會部門。
4、設計控制證據。為了全面預算制度的有效實施，需要制定必要的表單，作為全面預算制度的附件，為全面預算過程留下控制證據。全面預算相關文件資料很多，包括預算目標、預算政策、預算草案、批準預算文件、預算分析報告及預算考核記錄等。
5、優化控制制度。企業需要建立一系列制度體系和保障機制，促進全面預算的作用得到有效發揮。全面預算控制制度不是新建的一套獨立制度，而是將內部控制思想嵌入到全面預算制度中去。全面預算制度到底制定多少個，內容到底包括哪些，因企業而有別，從務實角度考慮，不宜過多，可制定一套統一的全面預算控制管理制度。
6、繪制控制流程圖。全面預算控制流程圖要根據全面預算流程、風險點、控制點及其相關的控制措施，結合具體單位的實際情況來繪制。特別要強調的是，應把全面預算內部控制流程和全面預算流程整合在一起，并在圖中標示風險點和控制點。
7、編制控制矩陣。全面預算控制矩陣是對全面預算流程圖中風險點、控制措施和控制證據等要素的詳細說明與描述，是全面預算內部控制設計結果的集中體現，也是企業內部控制管理手冊的重要組成部分。實際上是上述工作的綜合匯總。
本階段設計工作成果是形成《全面預算控制要點及關鍵控制表》、《全面預算內部控制目標表》、《全面預算內部控制措施表》、《全面預算控制證據表》、《全面預算制度完善建議表》、《全面預算控制流程圖》、《全面預算控制矩陣》等。
